Το Βατικανό είναι γνωστό για την απίστευτη κουλτούρα, την αρχιτεκτονική και τα μνημεία του, καθώς και για το γεγονός ότι είναι η έδρα της Παποσύνης.
Το Βατικανό όμως, είναι επίσης ένας κόμβος αντιπαραθέσεων και σκοτεινών μυστικών: δηλαδή το τέλειο έδαφος για να «φυτρώσουν» θεωρίες συνωμοσίας.
Ακολουθούν μερικές από αυτές:
1. Ο Ιησούς δεν υπάρχει
Υπάρχουν αναφορές ότι τα Αρχεία περιέχουν επικοινωνία μεταξύ του αυτοκράτορα Νέρωνα και του Αγίου Παύλου σχετικά με την ύπαρξη του Ιησού. Ορισμένοι συνωμοσιολόγοι πιστεύουν ότι το Βατικανό κρύβει αποδείξεις ότι ο Ιησούς Χριστός δεν υπήρξε ποτέ.
2. Αποδείξεις για εξωγήινη ζωή
Φήμες υποδηλώνουν ότι το Βατικανό κατέχει αποδείξεις για την ύπαρξη εξωγήινης ζωής, υπό τη μορφή εξωγήινων κρανίων.

εικόνα A.I.
Ορισμένες πηγές αναφέρουν ότι τα Αρχεία περιέχουν αποδείξεις ότι ο Πάπας συνωμοτεί με εξωγήινα όντα για να εμφυτεύσει σε όλους τους ανθρώπους της Γης μικροτσίπ.
3. Τα τρία μυστικά της Φάτιμα
Το αμφιλεγόμενο Τρίτο Μυστικό της Φάτιμα πιστεύεται ότι είναι ένα μυστικό έγγραφο που κρύβεται στα Αρχεία. Το 1917, τρία παιδιά από την Πορτογαλία έλαβαν προφητείες, μία από τις οποίες είδαν χιλιάδες άνθρωποι.
Η υποτιθέμενη απόκρυψη αυτού του Τρίτου Μυστικού τροφοδότησε φήμες ότι το περιεχόμενό του αφορούσε μια πυρηνική καταστροφή, μια φυσική καταστροφή και άλλα. Η αποκάλυψη του περιεχομένου αυτού του Μυστικού το 2000 δεν συνέβαλε ιδιαίτερα στην καταστολή των εικασιών.
4. Η μεγαλύτερη συλλογή πορνογραφικού υλικού
Ορισμένοι συνωμοσιολόγοι πιστεύουν ότι τα Αρχεία του Βατικανού περιέχουν τη μεγαλύτερη συλλογή πορνογραφικού υλικού στον κόσμο. Το Μουσείο Ερωτικής Τέχνης της Κοπεγχάγης επιβεβαιώνει αυτές τις εικασίες, όπως και τα γραπτά του ιδρυτή του National Review, William Buckley Jr, και της μελετήτριας Camilla Paglia.
5. Ελέγχονται από τους Ιλουμινάτι
Μερικοί πιστεύουν ότι παρά τη διάλυσή τους στο Μεσαίωνα, οι Ιλουμινάτι έχουν ξαναχτίσει μόνοι τους την εξουσία τους, με μέλη τους να κατέχουν μερικές από τις πιο ισχυρές θέσεις σε όλο τον κόσμο. Μια τέτοια ισχυρή θέση είναι το Βατικανό, όπου πολλοί από τους εξέχοντες μέλη του πιστεύεται ότι ανήκουν στους Ιλουμινάτι.

6. Είναι η έδρα μιας μηχανής του χρόνου
Πιστεύεται ότι κατασκευάστηκε από έναν Ιταλό επιστήμονα και ιερέα, τον πατέρα Pellegrino Maria Ernetti, το Chronovisor είναι μια συσκευή που φαινομενικά επιτρέπει στους ανθρώπους να βλέπουν το μέλλον και το παρελθόν. Αν και δεν υπάρχει καμία αναφορά για μια τέτοια συσκευή, ορισμένοι πιστεύουν ότι είναι κρυμμένη κάπου στα Αρχεία.
7. Η προφητεία των Παπών
Η Προφητεία των Παπών, που αποδίδεται στον Άγιο Μαλαχία, απαριθμεί 112 συνθήματα που περιγράφουν τους μελλοντικούς πάπες, καταλήγοντας σε μια τελική, αποκαλυπτική φιγούρα: «Πέτρος ο Ρωμαίος».

Πιστεύεται ότι γράφτηκε τον 12ο αιώνα, αλλά δημοσιεύθηκε μόνο το 1595. Η προφητεία ταιριάζει ανατριχιαστικά με ορισμένους πάπες, αν και πιθανότατα πρόκειται για πλαστογραφία του 16ου αιώνα.
Ο τελευταίος πάπας λέγεται ότι θα ηγηθεί κατά τη διάρκεια μεγάλων δοκιμασιών, που θα καταλήξουν στην καταστροφή της Ρώμης και τη θεία κρίση. Πολλοί πίστευαν ότι ο Πάπας Φραγκίσκος ήταν αυτός ο τελευταίος πάπα.